技術紹介

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A01班

杉田班

代表者:杉田 有治(理化学研究所)

GENESISは、全原子モデルのみならず粗視化分子モデルやQM/MMモデルを統合したマルチスケール分子モデルを用いた分子動力学シミュレーションを実現するソフトウェアです。フリーソフトウェアとして、https://www.r-ccs.riken.jp/labs/cbrt/からダウンロードし、LinuxやMacOS等にインストールして、分子動力学シミュレーションを行うことが可能です。
クロススケール分子モデルを用いた分子動力学シミュレーションのイメージ
クロススケール分子モデルを用いた分子動力学シミュレーション

GENESISの主な機能

大規模系の超並列分子動力学 グラフ

大規模系の超並列分子動力学

Cryo-EMデータを用いた構造精密化のイメージ

Cryo-EMデータを用いた構造精密化

REMD等の自由エネルギー計算

REMD等の自由エネルギー計算