Kikkawa lab

 

このページには、2008年度の京都大学・理学部における構造生物学の講義に使った資料や役に立つソフトを紹介しています。

** Ribosomeの構造に関して、2009年にRamakrishnan (MRC LMB Cambridge), Steitz (Yale University), and Yonath (Weizmann Institute)の3氏にノーベル化学賞が贈られました。

●構造生物学 2008年度 吉川分

11/19 Translation 1: Genetic code, tRNA, aminoacyl-tRNA synthetase
11/26 Translation 2: Ribosome structure
12/3 Translation 3: Elongation
12/10 Translation 4: Initiation, Termination
12/17 Translocation: Secretory and Membrane Proteins
    

●講義を理解する上で役に立つweb site/software

Protein Data Bank: 生物の分子構造を登録してあるデータベース

PyMOL: 講義で使用している分子ビューワー。Windows, Mac OS X, Linux用があります。

Translationのmovie, MRC Cambridge Ramakrishnan Lab

●講義で使用した分子:
PyMOLで開ける、pse形式で保存してあります。

11/19 Genetic code, tRNA, aminoacyl-tRNA synthetase
tRNA
tRNA-aminoacyl-tRNA synthetase complex
Leucyl-tRNA synthetaseによるtRNA Editing (11/26追加)

11/26 Ribosome structure
70S ribosome
16Sによる開始コドンの認識

12/3 Elongation
EF-Tu tRNA complex
EF-G
30S ribosome .. codon-anticodon の間の結合

12/10 Initiation, Termination

電子顕微鏡による70S ribosomeとinitiation factorの複合体を
示した
論文

Terminationに関する
総説

以上のリンクは、学内からアクセスすると実際の論文を見ることができます。

補遺: 大腸菌のタンパクの凡そ半数では、initiationの時に取り込まれる N-formylmethionineはリボソームから出たときに取り除かれます。Eukaryoteでも同じように、多くのタンパクで、N末端の methionineが取り除かれています。

12/17 Translocation

SecYEG complexの結晶構造

Translocationに関する
総説

課題について

: いくつか日本語で解説された情報を紹介しておきます。参考にしてください。
また、〆切は試験の前までとします。課題を出した方には毎週月曜日に確認のメールを
出しています。もし確認のメールが来ない場合には、再度吉川までメールをお願いします。

プリントの訂正:課題に使う1exdは、
tRNA bound to glutamate aminoacyl tRNA synthetaseではなく、glutamine tRNA bound to glutamine aminoacyl tRNA synthetaseです。
PDB (Protein Data Bank)について
PyMolの使い方
スクリーンショットの取り方
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